法律规定，劳动者违反培训协议的约定提前离职，违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。 因此，你单位约定的违约赔偿费用明显违反有关法律规定，如果这样仲裁裁决了，也是存在严重的误判。你可以不予理会。
法律主观：
1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的 劳动争议仲裁 委， 申请劳动仲裁 ， 立案 时需携带： 仲裁申请书 2份、申请人 身份证 复印件1份；相关 证据 复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（ 北京 地区不需要提供登记信息）！ 2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后 开庭审理 ，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，我们可以**到**； 3、可以不请当地 律师 代理 ，降薪申请劳动仲裁 自己亲自处理，我可以为你提供远程指导，一样能胜诉，且劳动仲裁委不收费； 4、申请劳动仲裁期间，不耽误你去新单位工作！
法律客观：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法： （一）因确认劳动关系发生的争议； （二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议； （三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议； （四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议； （五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议； （六）法律、法规规定的其他劳动争议。
根据你的描述，建议如下：
1、乙方培训所有费用为人民币50000元，这个约定是否合适，你要论证，请老师花了多少钱，总共多少人参加培训，出资的费用是否有这么多的。
2、根据你们的培训情况，虽然签订了培训协议，但是你的离职，并不会造成公司多大的损失，虽然也明确约定了：培训期间若因故离职或**被辞退，则根据尚未服务月份支付违约金。
3、可以辞职，发生争议时，可以申请劳动仲裁的。估计你辞职的话，肯定要分摊一部分培训费用的，但绝对不会这么多的，具体要承担多少，仲裁庭会根据看对方提供的举证资料和结合你的陈述和举证来确定的。