大体上南大比深圳大学难考的多，竞争激烈。毕竟南大是211,985重点建设的九所院校之一。。。当然如果你实力足够，当然考南大好了，不管是以后就业还是出国都很有优势。但如果为了求稳，并且想在珠江三角洲发展，选择深圳大学没错的。。。深圳大学也很好哦！
这个要看你要考的专业呀，1979年南方医科大学被确定为中国重点大学，2004年被批准为中国8所试办八年制医学教育的高等院校之一，近年来一直跻身中国百强大学行列并在医科大学排名中稳居前十，在独立性医科大学排名中也居前三甲之列。
南方医科大学国家级重点专业
人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床三个专业是国家级重点专业，病理学与病理生理学、骨外科学是国家重点培育学科，中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学，中医痹病学，是国家中医药管理局重点学科。个人认为这些国家级重点学科相对来说是比较难考的。
南方医科大学其他考研专业
南方医科大学其他考研专业有动物学、生理学、微生物学、神经生物学、遗传学、发育生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、免疫学、法医学、肿瘤学、特种医学、药物化学、计算机应用技术、生物医学工程等，个人认为这些专业考试难度一般。