不同的大学归不同部门管理。
不同的大学归不同部门管理，比如大部分985、211高校都是归教育部直接管理的，而省、市重点大学，私立大学等其他学校大多归省教育厅或者教育局管理；市属高校和省属高校一般都由由地方上管理，投资建设主要也由地方出资建设，只是不是教育部直属管理建设的。
重点大学一般有教育部等主管。如北京大学、清华大学、中央音乐学院、中央戏剧学院、复旦大学、上海交通大学、南京大学、东南大学、浙江大学、华中科技大学、武汉大学、武汉理工大学、华中师范大学、华中农业大学等由教育部直属管辖。
大学并非归教育局管理，不同的大学归不同部门管理，主要看学校的级别。具体归属主要看隶属关系和投资主体，市的一般性大学一般由省教育厅主管，但211名校一般都有隶属单位。
如南京理工与南航属于国防科工委管理，北京理工属于兵器总公司、北航属于航天集团等。省级院校属于教育厅管理，如南京工程学院，市级教育局管理的很少。而一般归当地教育局或教育厅管理。但是每一所教育机构，当地教育部门都对其有管辖权，只不过是配合管辖。
管。
烟台工程职业学院归烟台教育局管，归教育局管辖的一些企业行政合规的清单，教育局管辖的一些企业，涉及到一些行政企业合规的事项在我国，所有的学校，不分公立学校和私立学校，主管单位都是教育局。
教育局是教育系统行政主管部门，是国家行政单位，不是事业单位，但其直属的各类大学等属于事业单位，校长或老师等一般属于事业编制。
第一章总则
第一条为了促进民办学校的健康发展，维护民办学校合法权益，根据国家有关规定，结合本市实际情况，制定本办法。
第二条本办法所称的民办学校，是指企事业单位、社会团体和个人自筹资金设立的实施学历教育的非营利教育机构。
第三条本市范围内的民办学校，除国有企事业单位和农村基层自治组织为本系统或者本区域成员子女设立的实施学历教育的机构，以及境外机构和个人在本市举办的民办学校之外，均适用本办法。
第四条市教育行政管理部门是本市民办学校的行政主管部门，负责对本市民办学校的统一管理工作；其中，民办技工学校由市劳动局统一管理。
区、县教育行政管理部门负责本区域内民办学校的管理工作，并接受市教育行政管理部门的指导和监督。
第五条民办学校的办学经费自理。各级人民**和教育、劳动行政管理部门可根据实际情况，对民办学校给予必要的资助。
第六条民办学校必须遵守法律、法规、规章的有关规定，贯彻国家的教育方针，并达到基本的教育质量要求。
法律依据：
《中华人民共和国教育法》第九条中华人民共和国公民有受教育的权利和义务。公民不分民族、种族、性别、职业、财产状况、宗教信仰等，依法享有平等的受教育机会。